种子纠纷是指种子使用者与种子经营者之间因种子问题产生的纠葛或者矛盾。种子是农业生产资料中最基本的要素，在农业生产活动中，人们通过精耕细作总希望获得较好的收成，但因多种因素的影响（假劣品种、品种未审先推、种子标签不实、恶劣气候、栽培管理不当等），导致减产减收，难以如愿以偿，易产生种子纠纷。出现种子纠纷时，种子使用者和经营者双方应正确对待，妥善处理，认真查找分析原因，积极采取补救措施，减轻经济损失，维护双方权益。
1. 种子使用者使用了种子经营者提供的种子质量低于国家规定的种用标准、杂草种子的比率超过规定或带有国家规定检疫对象的有害生物的种子，导致减产、减收。
2. 种子使用者在当地购买、使用了未经审定通过的主要农作物品种或者通过审定但不适宜在当地推广的品种，导致减产减收。
3.种子使用者因使用了种子标签不真实、错标、漏标、乱标的种子，导致减产减收。以水稻品种为例，一个水稻品种，经过多年区试后品种审定部门在审定该品种时，对其品种的播种期、秧龄期、典型性状、产量指标、适宜种植范围等，都有明确的界定，种子经营企业 在制作种子标签时，如不严格标注，随意改变技术要点、特征特性、产量指标等，致使种子使用者不能采取相适应的栽培管理措施，从而 造成减产、减收 。
4.恶劣的天气影响 。如长时间干旱，轻易造成水稻空壳率高、油菜花而不实等；长时间低温阴雨，轻易造成田间管理困难、水土流失、肥力下降、防治病虫困难等，导致农产品的产量低、质量差。
6. 种子使用者随心所欲，不按技术要点操作，提早或推迟播种、缩短或延长秧龄期，不能科学管水、使用农药、肥料、管理不当，造成农作物生长发育不良，导致减产、减收 。
1.双方当事人能自行协商解决。种子使用者在购买种子时，应注意向种子经营者索要购种单据，并保存好购种单据、种子包装物和种子样品，种子使用后，若发现种子问题，及时向种子经营者反应，双方协商解决。
2.双方当事人协商不成的，能申请种子管理部门进行调解。申请人应在要鉴别判定地块的作物生长典型性状表现期提出申请，并提供相关种子买卖凭证、种子包装物和种子样品。种子管理部门依据双方或一方当事人的要求，按照农业部《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》的规定，组织有关农业专家对现场进行检验确定。若鉴别判定的结果为种子质量达不到国家规定标准、假种子、应当审定而未经审定通过的主要农作物品种 、种子标签不真实、随意更改品种审定公告或经营者弄虚作假等原因给种子使用者造成损失的，种子经营者应当承担对应的赔偿相应的责任；若鉴别判定的结果为气候因素、种子使用者人的因素以及其他因素影响导致减产、减收的，种子经营者不承担赔偿责任。
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